A pintura de Ismael Nery é influenciada pela geometrização das formas e intersecção de planos perpendiculares do Cubismo, apresentando também elementos expressionistas e surrealistas em sua temática. Neste ponto, ele se aproxima de outros modernistas brasileiros: absorve, incorpora e digere o modernismo europeu em sua obra. Porém, ao contrário de seus contemporâneos, os temas nacionais ou a busca por uma arte genuinamente moderna e brasileira, interessavam menos a Nery do que questões filosóficas, existenciais e sentimentais. Sua arte trata do íntimo e universal, mesmo que recorra aos procedimentos modernistas na sua forma.

A figura humana estilizada é um elemento recorrente em suas pinturas. Seus personagens são alongados, de formas cilíndricas e ovais, aparecem em ambientes oníricos, espaços irreconhecíveis, fora do tempo e da realidade imediata. Ao longo do tempo, o artista passa de uma paleta mais sóbria de sépia para cores mais vivas. A dualidade permeia toda a sua produção, que explora temas como o feminino e o masculino, o sagrado e o profano, o erotismo, a vida e a morte. Em suas obras finais, que datam da década de 1930, a pintura metafísica e o drama pessoal de sua enfermidade encontraram um ponto de convergência, consolidando Ismael Nery como um artista único, cuja visão universal transcendeu os limites de seu tempo e contexto.

Apesar de ter realizado exposições individuais e coletivas ainda em vida, Nery ganhou maior reconhecimento postumamente. O relativo obscurecimento de sua obra se deve a diversos fatores: além da brevidade de sua vida ter impedido a consolidação de sua carreira artística, seu temperamento atípico, de certa forma esotérico, manteve-o à margem do modernismo de sua época. Na década de 1960, a obra de Nery retornou ao circuito de arte com sua inclusão na Sala Especial Surrealismo e Arte Fantástica na 8ª Bienal de São Paulo (1965). No ano seguinte, o MAM Rio de Janeiro realizou a primeira retrospectiva de sua obra (1966). Nery integrou também a 10ª edição da Bienal de São Paulo (1969). Recentemente, foi tema da individual Ismael Nery: Feminino e Masculino, realizada no MAM São Paulo (2018). 

Atualmente, seu trabalho tem recebido renovada atenção crítica graças a movimentos de revisão histórica não apenas do modernismo brasileiro, mas também da história do surrealismo e seus desdobramentos fora dos centros hegemônicos de arte. Nesse contexto, destaca-se a inclusão recente de uma obra de Nery na coleção do MoMa, em Nova York, e sua presença em exposições internacionais de peso, como a mais recente Bienal de Veneza (2024). Suas obras integram importantes acervos institucionais, tais como: Pinacoteca de São Paulo; MAM São Paulo; Museu de Arte Brasileira da FAAP; Museu de Arte Contemporânea da USP – MAC USP; MAM Rio de Janeiro, Museu de Arte Murilo Mendes, Brasil; entre outros.