Filho de lavradores de cafezais do interior de São Paulo, José Antonio da Silva desempenhou diversos ofícios ligados ao trabalho rural, até mudar-se para a cidade de São José do Rio Preto, onde trabalhou como porteiro em hotéis e outros estabelecimentos. O ciclo do café trouxera a proliferação dos núcleos populacionais no interior do estado, bem como maximização dos centros urbanos, ferrovias e indústrias, que se mesclaram ao mundo rural das economias do algodão, da pecuária e da cana-de-açúcar. Nos anos 1940, as pinturas de José Antonio da Silva sinalizam as mudanças do tecido social nessa região. Suas paisagens muitas vezes incluem figuras de trabalhadores liberais, colonos, fazendeiros e lavradores – seja em cenas de descanso, lazer ou trabalho.  

Em 1946, Silva se informa sobre um concurso de pintura organizado pela Casa de Cultura de São José do Rio Preto. Sem dinheiro para comprar telas, pintou seus primeiros três trabalhos sobre flanela. Eles foram enviados para a mostra e chamaram atenção do júri, composto pelos críticos Lourival Gomes Machado, Paulo Mendes de Almeida e pelo filósofo João Cruz Costa – todos ligados ao modernismo paulista. Apesar do júri ter indicado Silva para receber o primeiro lugar do concurso, a comissão organizadora anulou a decisão e o relegou ao quarto lugar. 

O reconhecimento dos críticos, todavia, renderia frutos duradouros à trajetória de Silva. Apenas dois anos depois, em 1948, recebeu sua primeira mostra individual na Galeria Domus, em São Paulo. As trinta e sete obras apresentadas na mostra eram compostas por paisagens da zona rural de São Paulo: plantações de café, bois, trabalhadores do campo, bem como cenas de violência e flagelo. Em ocasião desta mostra, Pietro Maria Bardi adquiriu dez obras do artista para a coleção do Museu de Arte de São Paulo Assis Chateaubriand – MASP.

Desde o início de sua carreira, Silva participou de coletivas ao lado de grandes pintores modernistas como Alfredo Volpi, Di Cavalcanti e Flávio de Carvalho e realizou diversas individuais. Em 1949, o Museu de Arte Moderna de São Paulo publicou seu livro intitulado Romance de minha vida. Participou das três primeiras edições da Bienal de São Paulo (1951, 1953 e 1955), mas foi rejeitado pelo júri na quarta edição (1957), fato que provocou reação enfurecida no artista, levando-o a produzir uma série de pinturas em teor provocativo contra a instituição. Voltou a participar da Bienal de São Paulo na década de 1960, até ter diversas obras novamente negadas pelo júri em 1967. Participou da Bienal de Veneza em 1955 e novamente em 1966, ocasião em que teve uma sala especial dedicada à sua obra. Exposições recentes incluem as individuais José Antonio da Silva: Nasci errado e estou certo, na Pinacoteca de São Paulo (2018); José Antonio da Silva, na Almeida & Dale, São Paulo (2017); José Antonio da Silva em dois tempos, no MAC USP, São Paulo  (2013); entre outras. Participou também de diversas edições do Panorama da Arte Brasileira do MAM São Paulo, (1960, 1973, 1976, 1979, 2013 ) e coletivas recentes como Terra e Temperatura, Almeida & Dale , São Paulo (2022) e Raio-que-o-parta: ficções do moderno no Brasil, Sesc 24 de Maio, São Paulo (2022). Obras de Silva integram acervos de museus como o Museu de Arte Moderna de São Paulo – MAM São Paulo; Museu de Arte de São Paulo Assis Chateaubriand – MASP; Museu de Arte Contemporânea da Universidade de São Paulo – MAC USP; Museu Nacional de Belas Artes do Rio de Janeiro; Pinacoteca de São Paulo; e Detroit Institute of Arts, EUA.